Program Studi Doktor Pendidikan adalah program studi yang konsen mencetak lulusan yang siap menjadi doktor kepemimpinan pendidikan, Konsultan pendidikan dan peneliti pendidikan. Untuk memenuhi ketentuan tersebut, struktur kurikulum S3 Program Doktor Pendidikan UMS ditetapkan sebanyak 48 SKS, meliputi: Mata Kuliah Dasar Keilmuan Pendidikan (3 SKS), Mata Kuliah Keahlian (13 SKS), dan Disertasi (32 SKS).